Ad un’epoca più recente rispetto ai graniti risalgono invece le rocce carbonatiche, una successione  sedimentaria che si depositò in epoca giurassica (180-65 milioni di anni fa) a seguito della sommersione del basamento ercinico a graniti. Queste rocce sono le protagoniste di fenomeni carsici, tuttora attivi, che hanno portato alla formazione di cavità e fessure dove scorre l’acqua. Una spettacolare testimonianza di tale fenomeno a Tavolara è il grande arco nei pressi del vecchio faro, relitto di un’antica cavità carsica. Il calcare, inoltre, conserva la “memoria” dei grandi cambiamenti che hanno interessato il pianeta a seguito di variazioni del clima. Una traccia evidente di questo è il solco di battente, caratteristica nicchia di erosione profonda corrispondente al livello di marea, con un’ampia concavità della parete sommersa sottostante, che costituisce un ottimo indicatore delle oscillazioni del livello del mare.