La première preuve de la présence de l'homme remonte à la Préhistoire et précisément au Néolithique (il y a environ 7000 ans), au moment où les côtes et la mer de l'AMP actuelle étaient impliquées dans des échanges transmarins de la Sardaigne vers le continent, notamment pour le marché des Obsidienne sarde, avec laquelle de différents types d'instruments ont été fabriqués. Au cours de la même période, les îles AMP abritaient un mammifère lagomorphe (de la même famille que les lapins et les lièvres actuels), le prolagus (reconnaissable en deux espèces, Prolagus sardus à Tavolara et P. Figari à Capo Figari), qui était une partie importante du régime alimentaire de l'homme néolithique en Sardaigne.