Il paese si è sviluppato alla fine del XVII secolo, attorno alla chiesa dedicata a Teodoro, soldato romano d’oriente, martire della persecuzione di Diocleziano. Prima di questo periodo, le testimonianze storiche descrivono il territorio teodorino deserto e scarsamente popolato. Durante il medioevo, tutta la Gallura ha vissuto un crollo demografico dovuto alle difficoltà e alla durezza del periodo storico. 

La rinascita di San Teodoro ha avuto inizio tra la fine del 1600 e la prima metà del 1700, quando si è ricostituito il tessuto socio-economico, dispersosi nelle campagne limitrofe con la civiltà degli stazzi. La vita agropastorale della cultura gallurese ha fortemente caratterizzato l’area di San Teodoro che, ancora oggi, rappresenta parte della memoria di un’ antica civiltà, con la rilevante presenza di abitazioni tipiche, distribuite nelle campagne del suo territorio comunale. Tutto il comune di San Teodoro è caratterizzato da una forte presenza turistica stagionale concentrata nel periodo primaverile ed estivo. 

Durante le stagioni autunnali ed invernali lo stagno di di San Teodoro, che è anche Sito di Interesse Comunitario,offre uno spettacolo affascinante ai visitatori curiosi di conoscere la flora e la fauna del territorio. Per queste ragioni, l’ Area Marina Protetta di Tavolara – Punta Coda Cavallo considera il comune di San Teodoro un punto strategico per promuovere un modello di sviluppo sostenibile, capace di un’ offerta turistica più attenta ai valori ambientali e alla loro conservazione.