Le coralligène est un habitat constitué de structures calcaires construites principalement à partir d'algues rouges de l'ordre des Corallinales et dans une moindre mesure à partir d'invertébrés. Le coralligène est l'un des habitats les plus importants de la Méditerranée pour son extension et pour la grande biodiversité qu'il abrite. Il représente également l'environnement préféré des plongeurs. Dans l'AMP de Tavolara Capo Coda Cavallo, des formations coralliennes imposantes se trouvent sur tous les fonds rocheux en dessous de 30 m de profondeur. L'habitat coralligène couvre une superficie évaluée à 97,2 ha, soit 0,6% de la superficie marine totale de l’AMP elle-même, estimée à 15.280 ha. Dans l'AMP, le coralligène présente des faciès dominés par des animaux très différents: selon les différents géomorphotypes, la minéralogie du substrat ou les différentes conditions locales, indépendamment de la profondeur. Le coralligène rocheux se développe sur des parois verticales et sub-verticales entre 15 m et 40 m de profondeur, parfois comme une enclave dans les populations infralittorales, souvent dans des structures forjetées qui forment des corniches d'épaisseur considérable. Il se caractérise par de fortes densités de Leptopsammia pruvoti, accompagnées d'Eunicella cavolinii (plus rarement Paramuricea clavata).