Le Puffin de Méditerranée (Puffinus yelkouan): à Tavolara se reproduit la moitié de la population mondiale de cette espèce.  C'est une espèce marine d'une longueur comprise entre 30 et 35 cm et d'une envergure d'aile comprise entre 70 et 80 cm. Les parties supérieures sont brunes, les inférieures sont blanches. Dans les grottes et les cavités des îles de Tavolara et Molara nichent environ 10.000-13.000 couples d’oiseaux qui ont fait l'objet d'un important projet de conservation, Life Puffinus Tavolara.

Le  Goéland d'Audouin (Larus audouinii): espèce marine endémique de la Méditerranée, nichant dans les petites îles de l'AMP de Tavolara où la pression anthropique est minimale.  Il se distingue de la mouette blanche par son iris foncé, ses pattes foncées et son bec rouge. Il atteint une taille comprise entre 44 et 52 cm avec une envergure de 117 à 128 cm. Il construit son nid à l'aide de petites branches, de posidonie et d'algues sèches, dans de petits creux, entre les rochers et les buissons, près du rivage.

Le cormoran huppé (Phalacrocorax aristotelis desmarestii) doit être considéré comme un indicateur important de la qualité de l'environnement car il est sensible aux changements dans les habitats et les territoires fréquentés.  Il se distingue du Cormoran par son cou plus fin, sa tête plus petite et ronde et son bec plus fin. Pendant la période de reproduction, il est reconnaissable à la présence d'une courte crête surélevée (d'où le nom huppé). En Méditerranée, elle commence à occuper les sites de nidification à partir de la fin du mois d’octobre et pond généralement 3 œufs à partir de la deuxième moitié de décembre.