Il coralligeno è un habitat costituito da strutture calcaree edificate principalmente da alghe rosse dell’ordine delle Corallinales e in misura minore da invertebrati. Il coralligeno è uno degli habitat più importanti del Mediterraneo per la sua estensione e per l’alta biodiversità che ospita. Inoltre rappresenta l’ambiente prediletto dai subacquei. Nell’AMP di Tavolara Capo Coda Cavallo imponenti formazioni coralligene si trovano su tutti i fondi rocciosi al di sotto dei 30 m di profondità. L’habitat coralligeno copre una superficie valutabile in 97,2 ha, ovvero lo 0,6 % del totale della superficie marina dell’AMP stessa, stimabile in 15.280 ha.  Nell’AMP il coralligeno mostra facies a dominanza animale molto differenti: a seconda dei diversi geomorfotipi, della mineralogia del substrato o delle diverse condizioni locali, anche indipendentemente dalla profondità. Il coralligeno di falesia si sviluppa su pareti verticali e subverticali tra i 15 m e i 40 m di profondità, talvolta come enclave in popolamenti infralitorali, spesso in strutture aggettanti che formano cornici di notevole spessore. E’ caratterizzato da forti densità di Leptopsammia pruvoti, accompagnata da Eunicella cavolinii (più raramente Paramuricea clavata). Il coralligeno su strutture granitoidi è presenti soprattutto tra 35 e 70 m di profondità nel Canale di Tavolara. Le comunità più superficiali possono presentare bioconcrezioni moderate, con lo strato elevato assente, e bioconcrezioni scarse. Il coralligeno più profondo ha sempre una bioconcrezione scarsa, con uno strato elevato a P. clavata e a grandi spugne massive massive, tra cui Spongia lamella e Sarcotragus foetidus (alla base).  Le beach-rocks sono più diffuse tra i 30 ed i 55 m di profondità. In quelle più superficiali, la bioconcrezione è moderata e lo strato elevato è assente; a 40 m si trovano situazioni con bioconcrezione scarsa e con uno strato elevato, caratterizzato da grandi poriferi, oppure con bioconcrezioni importanti e uno strato elevato praticamente assente.  Infine, il coralligeno di piattaforma si sviluppa in senso orizzontale su affioramenti rocciosi isolati (shoals, outcrops) nei sedimenti, di norma detritici, tra i 25 ed i 70 m di profondità.